Την Παρασκευή 13/3/09 πραγματοποιήθηκε η κλήρωση του εσωτερικού πρωταθλήματος ποδοσφαίρου του Α.Π.Θ. παρουσία όλων των εκπροσώπων των ομάδων. Οι ομάδες κληρώθηκαν στους παρακάτω ομίλους:

Α. ΟΜΙΛΟΣ
1.ΠΟΛΙΤΙΚΟΙ ΜΗΧ.
2.ΓΕΩΠΟΝΙΑ
3.ERASMUS TEAM

Β. ΟΜΙΛΟΣ
1.ΟΔΟΝΤΙΑΤΡΙΚΗ
2.ΜΑΘΗΜΑΤΙΚΟ
3.ΟΙΚΟΝΟΜΙΚΟ

Γ.ΟΜΙΛΟΣ
1.ΚΤΗΝΙΑΤΡΙΚΗ
2.ΕΠΑΘ
3.ΤΟΠΟΓΡΑΦΟΙ ΜΗΧ.

Δ.ΟΜΙΛΟΣ
1.ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ
2.ΘΕΟΛΟΓΙΚΗ

Ε.ΟΜΙΛΟΣ
1.ΗΛΕΚΤΡΟΛΟΓΟΙ ΜΗΧ.
2.ΧΩΡΟΤΑΞΙΑΣ & ΑΝΑΠΤ.
3.ΤΕΦΑΑ

ΣΤ.ΟΜΙΛΟΣ
1.ΠΑΙΔΑΓΩΓΙΚΟ
2.ΝΟΜΙΚΗ

Ζ.ΟΜΙΛΟΣ
1.ΙΑΤΡΙΚΗ
2.ΜΗΧΑΝΟΛΟΓΟΙ ΜΗΧ.
3.ΒΙΟΛΟΓΙΚΟ

Η.ΟΜΙΛΟΣ
1.ΦΙΛΟΣΟΦΙΚΗ
2.ΦΑΡΜΑΚΕΥΤΙΚΗ
3.ΧΗΜΙΚΟΙ ΜΗΧ.